Isomorphic Labs, дочерняя компания Alphabet, представила IsoDDE — единый вычислительный движок для проектирования лекарственных молекул. На самом сложном бенчмарке структурного предсказания Runs N’ Poses новая система показала точность 50%. У AlphaFold 3 результат 23,3%. Более чем двукратное превосходство над моделью-прорывом 2024 года.

IsoDDE — не следующая версия AlphaFold, а принципиально другой по масштабу инструмент. AlphaFold 3 предсказывала трехмерные структуры белков и их взаимодействия с молекулами. IsoDDE делает это точнее, но решает еще две критически важные задачи для реальной разработки лекарств.

Первая задача — прогноз силы связывания молекулы с белком-мишенью. Это ключевой параметр для оценки эффективности будущего препарата.

Вторая задача — поиск скрытых карманов белков. Участки, к которым потенциально может присоединиться лекарство, даже если раньше о них не было известно.

Показательный пример — белок церебролон. Пятнадцать лет считалось, что у него только один сайт связывания — классический талидомидный карман. Недавнее экспериментальное исследование обнаружило второй, скрытый сайт.

IsoDDE смог воспроизвести это открытие вычислительно. Использовал на входе только аминокислотную последовательность. Без указания, какие именно молекулы должны связаться с белком. Движку понадобились секунды. Экспериментальные методы вроде фрагментного скрининга требуют значительных затрат времени и ресурсов.

Помимо малых молекул, IsoDDE работает со сложными биологическими структурами. На тестах по предсказанию взаимодействий антитело-антиген движок обошел AlphaFold 3 в 2,3 раза. Модель Boltz-2 — в 19,8 раза в режиме высокой точности. Это открывает возможности для компьютерного проектирования антител. Задача до сих пор решалась преимущественно в лаборатории.

Фармацевтическая индустрия уже оценила потенциал технологии. Ранее Isomorphic Labs заключила партнерства с Novartis и Eli Lilly на общую сумму около $3 миллиардов.

В январе 2026 года подписан контракт с Johnson & Johnson. На этот раз с акцентом на крупные молекулы и биологические препараты.

Компания привлекла $600 миллионов в первом внешнем раунде от Thrive Capital в 2025 году. Планирует начать клинические испытания лекарств, созданных с помощью ИИ, до конца 2026 года.

Обнаружение скрытых сайтов связывания революционизирует поиск лекарств. Многие белки имеют неизвестные карманы, которые могут стать мишенями для новых препаратов.